Prototipe adalah game action perang - perangan dunia-aksi permainan di mana pemain menguasai bentuk-shifter Alex Mercer. Dalam gameworld ini, Anda secara harfiah adalah bersembunyi terkena prototipe genetik dalam bentuk manusia. Anda melangkah keluar ke jalan-jalan di New York dengan memori, tapi kekuatan potensial tak terbatas. Sebagai kemampuan mengerikan menyapu epidemi virus di Manhattan, rahasia Blackwatch Pasukan Khusus bergerak dalam misi tetapi dia mengubahnya menjadi sebuah zona perang. Menyelidiki misteri asal Anda, sifat sejati dari kekuasaan dan bagian Anda dalam konspirasi 40 tahun dalam pembuatan.Alex Mercer cerita pernah seorang ilmuwan untuk penelitian perusahaan terkemuka medis, Gentek, tapi suatu hari ia bangun untuk menemukan dirinya sendiri bentuk-shifter dengan penguasaan mutlak atas struktur genetik, tapi tidak ingat bagaimana ini datang untuk. Mengambil ke jalan-jalan di New York City dalam mencari jawaban, ia cepat menemukan web kebohongan dan sumpah untuk merobek kebenaran dari mereka yang telah tersembunyi dari dirinya dan dunia.
